Zwischen Rosenheim und Stephanskirchen wurde der Inn zum Schutz vor Überschwemmungen reguliert. Trotzdem ist die frühere Aue mit Altarmen und Feuchtwäldern (hoher Grundwasserstand) erkennbar und gibt dem gesamten Landschaftsraum ein eigenes Gepräge.
Die Innauen sind heute sowohl für die Gemeinde Stephanskirchen, wie auch für die Stadt Rosenheim ein wertvolles Naherholungsgebiet. Flußlandschaft und Innleite sind durch zwei Landschaftsschutzgebiete gesichert:
- Landschaftsschutzgebiet Inntal
- Landschaftsschutzgebiet Inntal-Süd
Die Moränenlandschaft von Stephanskirchen ist durch eine Vielzahl von Mulden, Kuppen, Hängen, sowie Tälern reich gegliedert und besitzt dadurch ihren besonderen Reiz. Während sich auf den trockeneren Kuppen und Hängen Wälder entwickelt haben, bildeten sich in den Mulden auf den wasserstauenden Tonlagen Seen, Verlandungszonen und Moore aus. Die sehr wertvollen Gebiete sind heute geschützt als
- Natur- und Landschaftsschutzgebiet südliches Simsseeufer
- Landschaftsschutzgebiet Litzelsee
Südlich von Haidholzen liegt die Westerndorfer- und Simserfilze mit einer Größe von über 70 ha. Die Gemeinde hat dieses entwässerte Hochmoor als Kernstück einer Biotopvernetzung zwischen Inn und Simssee durch einen gemeindlichen Grünordnungsplan gesichert.